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一个质的特点被单个基因通常控制，但是它可以被二有时控制或甚至更多的基因。这现象被称为基因相互作用。为经由 bulked segregant 分析(BSA ) 然后有 Mapmaker/Exp 的构造地区性的连接地图的连接分子的标记的 Rapidlysearching 成为了一条普通途径到印射单个主要基因。然而，为印射开发的方法和计算机程序挑选主要基因因为基因相互作用的基因模式与单个基因的继承的相当不同，不能简单地被用于交互基因。直到现在，为快速屏蔽分子的标记的试验性的方法连接了到交互基因和统计方法和相应计