【摘 要】
:
提升势能面的运行速度对于动力学模拟至关重要.相对于计算简单、但耗时更长的数值梯度计算,直接求解势能面梯度的解析公式能够大幅提高势能面的运行效率.本文发展了基本不变量神经网络解析梯度的生成方法.计算解析梯度的代码可以通过程序自动生成.对大量数据点进行测试后,证明了该方法可以得到正确的势能面梯度输出结果.通过测试不同势能面的调用时间,发现采用解析梯度方法能够带来10倍以上的性能提升.随着体系的增大,这种性能提升也会越明显.
【机 构】
:
中国科学院大连化学物理研究所,中国科学院大学
【基金项目】
:
国家自然科学基金(批准号:21688102),中国科学院战略性先导科技专项(B类)(批准号:XDB17010200),兴辽英才项目(批准号:XLYC1808024)资助.
论文部分内容阅读
提升势能面的运行速度对于动力学模拟至关重要.相对于计算简单、但耗时更长的数值梯度计算,直接求解势能面梯度的解析公式能够大幅提高势能面的运行效率.本文发展了基本不变量神经网络解析梯度的生成方法.计算解析梯度的代码可以通过程序自动生成.对大量数据点进行测试后,证明了该方法可以得到正确的势能面梯度输出结果.通过测试不同势能面的调用时间,发现采用解析梯度方法能够带来10倍以上的性能提升.随着体系的增大,这种性能提升也会越明显.
其他文献
让生命以另一种形式延续,正悄悄改变着许多人对生命的认知。 小说《黑的雪》中写道:人的命运就像天上飘落的雪花,它们原本都是洁白无瑕,落在何处却不能自由选择。 人生如雪花飘零,但我们又比雪花幸运。虽无法决定出身,却也可以做许多选择。 最近,一位小女孩的选择湿润了无数网友的双眼。她让我们看到了,生命究竟可以有多美。 她的名字叫丹丹,有次看救助节目的时候,视频中小朋友的凄惨让她情绪翻涌
动手操作是小学生学习数学的重要方式,教师在课堂中选择合适的动手操作方式,可以帮助学生理解数学知识,探究知识间的内在规律;可以帮助学生掌握技能,解决数学问题,有利于培养
思维主要是指人脑对于比较客观的事物所做出的概括和间接的反映.有效地培养高中学生的数学逻辑思维能力,是学生学好数学这门学科的一个关键性因素.逻辑思维可以引导学生正确
阐明中国(未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区,下同)2018-2019年流行性腮腺炎(流腮)流行特征和病毒基因特征.对2018-2019年中国流腮流行病学和病毒学监测数据进行描述流行
方格网法具备直观、易验算等特点,使用频率高,应用广。但该方法忽略了地形要素信息,地形越复杂,格网长度越大,计算误差越大,计算误差容易超限。针对这一问题,本文提出了考虑地形要素的测量方法,通过将地形要素定义为特征线,建立考虑地形要素的TIN模型,土方计算时考虑地形要素的影响。工程案例分析结果显示,该方法有效地提高了土方测量结果的准确性。
通过分子动力学模拟检测了2种程序性细胞死亡蛋白(PD-1)/单克隆抗体(Pembrolizumab和Nivolumab)复合物,并使用高效的计算丙氨酸扫描方法预测了单抗与PD-1的结合热点,将它们与对PD-1/PD-L1结合重要的热点残基进行对比分析.结果显示,Pembrolizumab以类似于PD-L1的方式与PD-1结合,而Nivolumab则以不同的方式与PD-1结合.2个PD-1/mAb复合物中共有的热点只有PD-1K131.同时发现,与PD-1K131
采用分子动力学方法研究了水包油(O/W)型乳状液体系中重油油滴在脉冲电场中的聚集行为.通过改变电场占空比的模拟参数,探讨了一定电场强度下的油滴聚集行为,以及电场破乳时电场强度参数与占空比参数之间的联系.同时利用静电势分布、相互作用势能以及结合构象统计等分析方法,从微观角度说明在电场作用下油滴的电荷分布与聚集机制.模拟结果表明,在近0.40~0.75 V/nm范围内电场强度下,距离一定的重油滴聚集,低电场强度可通过增加占空比促使油滴聚集,且占空比随电场强度的增大而减小;油滴在电场中发生形变,油滴电荷出现两极
抽象思维是一种科学认识事物本质,揭示发展规律的高阶思维,要想将其纳入数学学习体系中,教师可以通过观察具象案例、识读文本语言、借助命题分析的形式,引导学生学习数学概念
课堂评价是课堂教学的基本组成部分,能够对教学起到诊断、激励等作用,是提高教学质效、促进学生成长的一种重要手段.不同的评价会产生不同的效果,好的课堂评价委婉动听,使人
随着我国对基础性教育工作发展的重视程度不断提升,小学阶段的教育教学工作所受到的社会关注度逐年升高,在这一基础上开展信息技术环境下小学数学有效教学方法的研究,旨在提