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针对现有电泳荧光信号去噪处理方法的不足,提出一种基于最优小波包基的信号去噪方法.该方法采用Shannon熵准则选择最优小波包基,选取Penalized阈值,用量化后的系数重构得到去噪后的信号.仿真实验表明:基于最优小波包基的电泳荧光信号去噪方法在使信噪比得到提高的同时,电泳荧光信号的峰值误差也进一步减小.