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目的乳腺导管原位癌(breast ductal carcinoma in situ,DCIS)是浸润性导管癌(invasive ductal carcinoma,IDC的前驱病变,DCIS进展为IDC的机制尚不明确,本研究通过研究DCIS和IDC的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),从分子层面初步探讨介导二者发展的相关因素。方法在美国国立生物技术信息中心(national center for biotechnology information,NCBI)的基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中获取DCIS与IDC的相关基因芯片数据,采用R语言根据设定的条件(∣log2FC∣>1,P<0.05)筛选出二者的DEGs,用DAVID、String等在线数据库对上述所得基因数据进行功能富集分析、信号通路分析及预测蛋白质相互作用关系。结果筛选出261个差异表达基因,其中上调差异基因16个,下调差异基因245个。GO富集分析显示,下调DEGs主要涉及内肽酶活性的负向调节(P=0.042)、蛋白质细胞外基质(P=0.003)、细胞外基质(P=0.006)、顶端质膜(P=0.006)、受体复合物(P=0.008)、黏附斑(P=0.007)和细胞表面(P=0.008)等细胞成分,肝素结合(P=0.013)、丝氨酸型内肽酶抑制剂活性(P=0.014)和受体结合(P=0.016)等分子功能;上调DEGs主要涉及胶原分解过程(P=0.002)和蛋白质细胞外基质(P=0.050);KEGG分析显示,下调DEGs主要参与酪氨酸代谢(P=0.010)和补体系统(P=0.036)等信号通路;通过String分析得到的蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI)发现这些基因编码蛋白间的相互作用主要集中在SEPP1、SERPINA1、SERPINA3、CLU、PROS1、MAGED2、VWF、CXCL12、CXCL11、CXCL1、CXCL2、GNG11、SAA1、ANXA1及CCL19等15个蛋白。结论采用生物信息学方法对IDC与DCIS进行DEGs的分析,可有效发掘二者之间的相关信息,为乳腺癌的下一步研究提供新的思路。