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内部会计控制是事业单位内部控制工作中的重要环节，对保证会计核算业务活动的正常有效进行，保护资金的安全、完整、高效和有序，提高经营管理水平和经济效益具有重要作用。建立和完善事业单位内部会计控制制度是保证事业单位健康稳定发展的客观要求。
1.当前事业单位内部会计控制存在的问题
1.1内部会计控制缺乏执行力
我国事业单位的主要领导基本属于上级指定或任命，普遍现象是主要领导亲自抓财务管理，实行“一支笔”审批，从而往往更注重短期内有业绩和出成绩，放松了对内部会计控制的重视，缺乏正确和科学的思想认识。某些管理者错误地认为制定了相关的内部会计控制规章制度，就等于建立了内部会计控制体系和机制，反而更没有意识到内部会计控制制度是一种业务过程中紧密相连、一环扣一环的动态监督机制，也没有意识到本单位内部的相关部门在控制过程中各自应当承担的责任和职能，仅仅把内部会计控制当作日常管理中的一种普通手段。有的单位在执行内部会计控制制度时，忽视存在的潜在问题与风险，没有发挥各自岗位所担当的职责，导致内部会计控制执行流于形式，形同虚设，缺乏执行力。
1.2内部会计控制理论体系需要加强和完善
目前，现行的事业单位内部会计控制规章制度主要是财政资金的使用范围标准以及使用方向方面，而且仅仅是针对专项经费或固定资产的管理制度和办法，在防范风险和确保财政资金的安全性方面的作用不是很明显。我国事业单位没有权威性较高的内部会计控制规章制度，在经济活动中只是以主管部门的一般性财经规章代替内部会计控制制度，对业务流程的控制作用过于简单，凭工作经验加以简单、组线条的控制，一旦出现问题，则缺乏统一规范的处置依据和标准，对风险防控的约束作用普遍不强。
1.3会计核算基础工作尚不稳固
某些事业单位内部财务制度和会计制度不健全，会计核算不准确。例如，日常会计核算缺乏事前和事中控制，很多经济业务往往在事后补办手续进行支出，有的缺少付款凭据就匆忙签订合同，银行支票印章由一人保管，现金和银行账户对账由一人负责。日常会计核算业务中，各种凭证填制、记账、财务部门负责人、会计主管人员印鉴签字不全;个别地方存在记账不规范、结账时间不一致等问题。预算的编制和执行仍比较薄弱，预算编制不规范，具体指标项目没有细化，预算编制的科学性和准确性还有提升空间，无法真正实现真正的预算管理。
1.4内部会计控制制度缺乏可行的评估机制，监督方面存在环节薄弱
由于事业单位普遍存在着强调上下级领导关系，而且不核算具体的经济效益，从而导致实际执行中约束力不强，存在“行政权力超越内控制度”、“个人决策突破民主讨论”等现象。由于缺少专门的审计师，注册会计师，内审人员的道德素质和业务素质又常常难以满足内部会计控制监督的需要。内部审计和稽核人员往往缺乏对单位整体结构和整体业务流程的控制大局观。财政、审计部门之间信息管理系统缺乏有效衔接，基础数据不能共享，无法及时准确地掌握各项资金数据，强有力的监督更无从谈起了。
2.完善事业单位内部会计控制的对策
2.1增强内部会计控制意识
按照《内部控制基本规范》和《会计法》相关规定，单位负责人是单位财务与会计工作的第一责任主体，在建立内部会计控制制度的同时，必须增强内控认识。尤其是单位一把手，要真正确立起单位负责人对内部会计控制制度建设的“第一责任主体” 的意识，强化对行政事业单位主要负责人及一些相关领导在内部会计控制方面的培训学习。单位主要负责人应该高度重视内控制度的重要性和现实意义，单位的整体发展和内部管理两手抓，保证内控工作发挥切实有效的作用。
2.2加强基础建设，促进会计核算工作规范化
重视改进行政事业单位的会计基础工作，强化会计系统的控制作用，实现会计基础工作的规范化。要在提高会计人员业务素质的同时，加强会计从业的职业道德教育，培养会计人员树立遵纪守法、忠诚职守、甘于奉献、廉洁奉公的职业道德。认真抓好会计基础工作规范化建设，使会计核算的业务处理规范化、标准化，通过规范的会计技术处理，提供真实和完整的会计信息。在会计科目设置、凭证审核传递、会计核算方法、账簿设置与记账要求等方面，建立严格的标准和业务流程。同时建立严格的内部审核核对制度，完善两人以上的复查核对控制，防止有关人员的舞弊行为和工作失误，进一步提高会计工作质量。
2.3加强会计内控制度体系建设
事业单位经费主要来源是国家财政拔款，对其内部管理控制控制也有其特殊性。如会计统一集中核算、收支两条线管理、国库集中支付、国库零余额账户体系、政府集中采购、部门预算管理体系等，针对事业单位不同的管理体制和特征，应建立与其相应的内部会计控制制度体系。同时，鉴于事业单位内部会计控制制度体系不健全、不完善的状况，应当组织有关相关领域的专家学者、具有实际工作经验的事业单位财会人员、高效科研机构工作者，研究制定具有事业单位特色的内部会计控制规章指引，促进事业单位建立健全内部会计控制的制度体系，并根据工作进展情况进行不定期地监督检查。
2.4强化内部审计和外部监督的有效结合
内部审计既是内部会计控制系统中的有机重要组成部分，也是强化内部会计监督的制度安排。内审部门应建立定期的内部会计制度客观评价体系，设置专职内部审计人员，保持其与被审计部门的独立性，及时发现内控制度存在的缺陷和薄弱环节。内审部门還应经常地对已建制度的完整性、合理性和有效性进行测试，以确定既定的政策和程序是否贯彻，建立的标准是否遵循，资金的使用是否有效，单位的内控目标是否达到，并负责向单位领导提出建议和报告。要充分发挥会计师事务所等社会中介机构的监督作用，制定相应的内部会计控制实施细则，切实发挥审计监督方面的作用，从而促进单位内部会计控制制度的顺利执行。
1.当前事业单位内部会计控制存在的问题
1.1内部会计控制缺乏执行力
我国事业单位的主要领导基本属于上级指定或任命，普遍现象是主要领导亲自抓财务管理，实行“一支笔”审批，从而往往更注重短期内有业绩和出成绩，放松了对内部会计控制的重视，缺乏正确和科学的思想认识。某些管理者错误地认为制定了相关的内部会计控制规章制度，就等于建立了内部会计控制体系和机制，反而更没有意识到内部会计控制制度是一种业务过程中紧密相连、一环扣一环的动态监督机制，也没有意识到本单位内部的相关部门在控制过程中各自应当承担的责任和职能，仅仅把内部会计控制当作日常管理中的一种普通手段。有的单位在执行内部会计控制制度时，忽视存在的潜在问题与风险，没有发挥各自岗位所担当的职责，导致内部会计控制执行流于形式，形同虚设，缺乏执行力。
1.2内部会计控制理论体系需要加强和完善
目前，现行的事业单位内部会计控制规章制度主要是财政资金的使用范围标准以及使用方向方面，而且仅仅是针对专项经费或固定资产的管理制度和办法，在防范风险和确保财政资金的安全性方面的作用不是很明显。我国事业单位没有权威性较高的内部会计控制规章制度，在经济活动中只是以主管部门的一般性财经规章代替内部会计控制制度，对业务流程的控制作用过于简单，凭工作经验加以简单、组线条的控制，一旦出现问题，则缺乏统一规范的处置依据和标准，对风险防控的约束作用普遍不强。
1.3会计核算基础工作尚不稳固
某些事业单位内部财务制度和会计制度不健全，会计核算不准确。例如，日常会计核算缺乏事前和事中控制，很多经济业务往往在事后补办手续进行支出，有的缺少付款凭据就匆忙签订合同，银行支票印章由一人保管，现金和银行账户对账由一人负责。日常会计核算业务中，各种凭证填制、记账、财务部门负责人、会计主管人员印鉴签字不全;个别地方存在记账不规范、结账时间不一致等问题。预算的编制和执行仍比较薄弱，预算编制不规范，具体指标项目没有细化，预算编制的科学性和准确性还有提升空间，无法真正实现真正的预算管理。
1.4内部会计控制制度缺乏可行的评估机制，监督方面存在环节薄弱
由于事业单位普遍存在着强调上下级领导关系，而且不核算具体的经济效益，从而导致实际执行中约束力不强，存在“行政权力超越内控制度”、“个人决策突破民主讨论”等现象。由于缺少专门的审计师，注册会计师，内审人员的道德素质和业务素质又常常难以满足内部会计控制监督的需要。内部审计和稽核人员往往缺乏对单位整体结构和整体业务流程的控制大局观。财政、审计部门之间信息管理系统缺乏有效衔接，基础数据不能共享，无法及时准确地掌握各项资金数据，强有力的监督更无从谈起了。
2.完善事业单位内部会计控制的对策
2.1增强内部会计控制意识
按照《内部控制基本规范》和《会计法》相关规定，单位负责人是单位财务与会计工作的第一责任主体，在建立内部会计控制制度的同时，必须增强内控认识。尤其是单位一把手，要真正确立起单位负责人对内部会计控制制度建设的“第一责任主体” 的意识，强化对行政事业单位主要负责人及一些相关领导在内部会计控制方面的培训学习。单位主要负责人应该高度重视内控制度的重要性和现实意义，单位的整体发展和内部管理两手抓，保证内控工作发挥切实有效的作用。
2.2加强基础建设，促进会计核算工作规范化
重视改进行政事业单位的会计基础工作，强化会计系统的控制作用，实现会计基础工作的规范化。要在提高会计人员业务素质的同时，加强会计从业的职业道德教育，培养会计人员树立遵纪守法、忠诚职守、甘于奉献、廉洁奉公的职业道德。认真抓好会计基础工作规范化建设，使会计核算的业务处理规范化、标准化，通过规范的会计技术处理，提供真实和完整的会计信息。在会计科目设置、凭证审核传递、会计核算方法、账簿设置与记账要求等方面，建立严格的标准和业务流程。同时建立严格的内部审核核对制度，完善两人以上的复查核对控制，防止有关人员的舞弊行为和工作失误，进一步提高会计工作质量。
2.3加强会计内控制度体系建设
事业单位经费主要来源是国家财政拔款，对其内部管理控制控制也有其特殊性。如会计统一集中核算、收支两条线管理、国库集中支付、国库零余额账户体系、政府集中采购、部门预算管理体系等，针对事业单位不同的管理体制和特征，应建立与其相应的内部会计控制制度体系。同时，鉴于事业单位内部会计控制制度体系不健全、不完善的状况，应当组织有关相关领域的专家学者、具有实际工作经验的事业单位财会人员、高效科研机构工作者，研究制定具有事业单位特色的内部会计控制规章指引，促进事业单位建立健全内部会计控制的制度体系，并根据工作进展情况进行不定期地监督检查。
2.4强化内部审计和外部监督的有效结合
内部审计既是内部会计控制系统中的有机重要组成部分，也是强化内部会计监督的制度安排。内审部门应建立定期的内部会计制度客观评价体系，设置专职内部审计人员，保持其与被审计部门的独立性，及时发现内控制度存在的缺陷和薄弱环节。内审部门還应经常地对已建制度的完整性、合理性和有效性进行测试，以确定既定的政策和程序是否贯彻，建立的标准是否遵循，资金的使用是否有效，单位的内控目标是否达到，并负责向单位领导提出建议和报告。要充分发挥会计师事务所等社会中介机构的监督作用，制定相应的内部会计控制实施细则，切实发挥审计监督方面的作用，从而促进单位内部会计控制制度的顺利执行。