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本文在对国内外区域生态保护补偿理论和方法研究分析的基础上,采用机会成本法和水资源价格法分别计算皖西大别山六安地区流域的生态补偿标准,通过分析结果,论述了两种方法的优缺点,并结合补偿区域经济发展实际情况,提出了短期补偿和长期补偿两个阶段进行补偿,得到了各个阶段补偿的标准,为下一步的流域生态补偿工作提供一定借鉴。