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我国转型期的科技创新资源配置具有“政府主导”的弱形式与“市场主导”的弱形式并存的特点,由此造成了国家创新资源系统的双重失效困境:即市场失灵、政府失灵,具体表现为创新系统各要素之间相互联动和合作的市场化机制还未建立起来等等。解决这种困境的出路是结合国家创新体系理论和国家竞争优势理论,形成一种既能通过市场激励获得竞争力优势同时又能通过国家创新体系实现创新资源整合的创新资源配置方式。