【摘 要】
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目的对一条不能明确亚型的HIV-1近似全长基因组序列进行分析,确定毒株的重组特征及可能来源。方法利用近末端稀释法分两段进行HIV-1近似全长基因组的扩增,获取序列后使用SimPlot软件分析近似全长基因组序列的重组模式及断点,采用分片段构建ML进化树的方法确认重组断点准确性,绘制重组病毒的基因镶嵌模式图。对各基因片段与相应亚型的全部近似全长基因组序列构建ML进化树,推测其亲本毒株可能来源。结果扩增及测序后,获得一条长度为8943 bp(HXB2:649~9599)的HIV-1近似全长基因组序列。断点分析表
【机 构】
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广西医科大学公共卫生学院广西艾滋病防治研究重点实验室,广西医科大学生命科学研究院广西生物医药协同创新中心
【基金项目】
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国家“十三五”科技重大专项子课题(2018ZX10101002-001-006),国家自然科学基金(82060610)。
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目的对一条不能明确亚型的HIV-1近似全长基因组序列进行分析,确定毒株的重组特征及可能来源。方法利用近末端稀释法分两段进行HIV-1近似全长基因组的扩增,获取序列后使用SimPlot软件分析近似全长基因组序列的重组模式及断点,采用分片段构建ML进化树的方法确认重组断点准确性,绘制重组病毒的基因镶嵌模式图。对各基因片段与相应亚型的全部近似全长基因组序列构建ML进化树,推测其亲本毒株可能来源。结果扩增及测序后,获得一条长度为8943 bp(HXB2:649~9599)的HIV-1近似全长基因组序列。断点分析表
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