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采用线粒体DNA 16S rRNA和COI基因序列对福建、浙江沿海分布的5个小孔蛸（Cistopus sp．）群体进行了遗传多样性研究。结果表明，序列总长度分别为497--501bp（16S rRNA）和652bp（COI）：小孔蛸5个群体的序列碱基组成均显示出较高的A＋T含量（16S rRNA基因72．1％，COI基因65．9％）。16S rRNA基因片段在种内和群体间个体差异均较小，5个群体共检测到8个变异位点（其中7个插入／缺失位点）；COI基因序列不存在插入／缺失位点，群体内个体间变异位点数为21