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从城市层面出发,以城市创新活动参与主体角度构建集聚效应指标体系,建立双对数函数集聚效应模型研究城市创新集聚效应。通过测算2003年—2015年南京创新要素集聚度指数,对南京市创新集聚效应进行实证分析。研究发现,研发人员集聚、规模以上工业企业研发机构集聚对南京创新集聚效应有显著的正向作用;高新技术企业集聚则具有显著的反向作用。针对实证结论提出政策建议。