论文部分内容阅读
目的
了解上海市浦东新区注射吸毒者分离的HCV的基因分型，分析其病毒种群的增长演化过程与选择压力。
方法采集美沙酮门诊注射吸毒者血清200份，扩增HCV NS5B 377-nt核苷酸片段。结合同期当地的志愿献血者、MSM、法定报告丙型病毒性肝炎（丙肝）病例的分离序列，使用BEAST软件包分析主要基因型的进化速率和种群演变过程。采用Datamonkey在线软件包对注射吸毒者分离序列分析选择压力，并与直接抗病毒药物（Direct-acting antiviral，DAA）结合位点进行比对。
结果美沙酮门诊注射吸毒者HCV RNA阳性检出率19.5%（39/200），其中基因分型分为3a亚型（14份）、3b亚型（13份）、1b亚型（7份）、6a亚型（4份）和6n亚型（1份）。注射吸毒者分离序列与其他人群序列同源性均较高。进化分析表明，HCV 1b亚型的理论感染人数于20世纪90年代开始增加且增速较快，3a与3b亚型则从90年代中期呈逐渐上升趋势。选择压力分析显示，注射吸毒者NS5B 377-nt片段确认有2个正选择位点，在7个DAA结合位点的突变率为2.2%。
结论HCV 3a和3b亚型是上海浦东注射吸毒者丙肝感染的主导基因型。而1b亚型在各人群中普遍分布，进化速率较快，其导致的感染数将持续上升。注射吸毒者HCV NS5B基因片段的DAA结合位点突变率低，预计药物结合效果较好。