1月9日，卫计委发布《关于在公立医疗机构药品采购中推行“两票制”的实施意见（试行）》，将在公立医疗机构药品采购中逐步推行“两票制”，鼓励其他医疗机构药品采购中推行“两票制”。两票制是政府意图规范药品流通秩序、压缩流通环节、降低虚高药价的重要抓手，对目前常见的药品多级代理模式将产生巨大的冲击。
　　按照政策要求，综合医改试点省（区、市）和公立医院改革试点城市要率先推行两票制，并鼓励其他地区执行两票制，争取到2018年在全国全面推开。福建省于2012年试点执行两票制，是全国最早执行的省份。目前，全国大部分省份也均在各类文件中提出要执行两票制，部分省份已开始执行。
　　对比国家和目前部分省市已公布的两票制相关文件，可以发现此次两票制文件出台仍然有一些问题没有明确。首先，生产企业的认定略有差异。例如在可视同生产企业和可不视为一票的规定中，陕西、海南和辽宁等地严格执行国家标准，其他省份均在国家标准上有所放松，地方标准较多加入“药品上市许可持有人所委托的代为销售药品的生产企业或经营企业（全国仅限1家），可视同生产企业”的规定。
　　其二，部分省份针对特殊情况制定政策存在差异。在“可再开一次药品购销发票”的规定中，辽宁、海南、湖南和安徽嚴格执行国家标准，规定“特别偏远、交通不便的基层医疗卫生机构”可实行，甘肃、重庆、四川和青海等地则将标准放松至“基层医疗机构”，而河北、宁夏和山西等地则直接规定基层医疗卫生机构暂不执行两票制。
　　此外还有药房托管的处理问题。目前重庆、湖南的细则提出“对实施药房托管的公立医院机构，经营企业可委托其托管方配送，但不得发生购销行为，即不得开票。”药房托管的本质是托管公司负责医院的药品配送，在两票制下厂商又必须指定其为配送商，托管公司议价能力过强，而重庆、湖南的方案则有效防止凭空多出一票而产生的额外渠道成本，但类似细则未在全国性文件中出现。
　　两票制本身对医药产业带来的影响而言不可怕，但叠加其他政策后，形成一系列的流通行业整顿的组合拳，则将对产业链各环节产生强烈的综合反应。如增加财务处理难度及成本的营改增、打击过票洗票的《总局关于整治药品流通领域违法经营行为的公告》（94号文）、配送企业数量受限制等。
　　利好流通龙头
　　两票制叠加94号文打击“过票”，从短期来看，过去流通企业中过票的功能会被大大削弱，终端配送能力成为流通商的核心竞争力，流通行业集中度提升是大势所趋。
　　过去流通链条在整个产业链中主要有过票、垫资和配送三大职能，其中过票是很多中小型流通企业生存的核心价值，经营较为规范的大型流通企业往往沦为单纯的物流配送商。而在两票制叠加94号文的环境下，过票的模式不可持续，流通企业需要形成向上游药企议价、覆盖终端配送的核心竞争力。在此政策环境下，全国性和地区性的流通龙头企业优势凸显，未来各省最终或将形成全国性商业龙头、跨区域商业龙头、各省区域龙头共同竞争的新商业格局。
　　当前，中国医药流通行业呈现多、小、散局面。数据显示，截至2015年11月底，全国药品批发企业多达13508家，百强外企业平均销售额仅约3300万元，尚有较大整合空间。2015年收入规模最大的国药集团市占率仅为19.9%，体现出龙头市占率不高的现状。在流通职能发生巨大变化的情况下，以“过票”为生的品种资源和终端医院覆盖不足的小流通企业以及非规范企业生存困难，预计未来3～5年内或将仅剩3000～4000家药品批发企业，集中度将大大提高。
　　以福建省受到的影响和发生的改变为例，福建限定各采购片区集中采购药品配送企业总数原则上不超过10家，省食药监局遴选确定11家基药配送企业，具备全省基药和非基药配送资格，各采购片区的基药只能从这11家中选择，非基药配送企业必须从11家中选择3家以上。据鹭燕医药招股说明书，福建省2012年八标药品配送商达176家，而据福建省药品集中采购网最新数据，2016年配送商仅40家左右。
　　从发达国家的情况来看，尽管医药流通行业集中度已经非常之高，但仍然处于进一步压缩流通环节的演变中，其流通行业的现状对我国未来流通行业发展具备一定的参考意义。
　　在美国，前三大批发商占据全国药品市场份额90%以上，全国药品流通企业只有70家左右，各州药品分销配送商数量最多的不过14家，共有8个州分别只有1个批发分销商；在澳大利亚，PBS目录药品全部由覆盖全国的3个大企业和另外3个小企业完成，经营额占全国销售总额的95%以上；英国在2010年共有3个全线批发商和50个短线批发商；近10年日本的药品批发企业因为兼并重组减少了一半，目前约为147家。
　　工业财税处理难度增加
　　两票制推进医药流通的集中整合，在医药工业方面，两票制和营改增的叠加效应对传统的底价代理模式也带来巨大冲击。
　　两票制实行后，对生产企业将带来多方面影响：佣金支付需要大量销售费用发票，但这些票据如何入账、各项佣金支付与提现将成为核心问题，还需考虑规避财税和法律风险；税务处理难度飙升，商务管理成本、税收分摊成本等销售成本增加；一级配送商业数量大增，渠道管理难度加大，第三终端配送商业选择问题突出，营销管理难度加大；早期配送商为争夺配送权，短期内会缩短商业回款周期，但未来如果形成市场垄断，商业回款周期将会延长。
　　在两票制及营改增的叠加效应下，低开转高开的药企需要承担高开部分17%的增值税，以及25%的企业所得税，药企的税负成本压力在提高。同时，药品零售价也会有一定程度的提高。这其中的各项成本压力是小流通企业难以承受的。
　　两票制将会考验以前承担“过票”职能的药企或是大型流通企业的财务处理能力，一方面是处理繁杂的账目，另一方面则是合法地将销售成本费用化，大量中小型流通商业公司将面临倒闭、被兼并的压力。从长期来看，流通企业向“服务”转型是未来的趋势，如转型成为CSO（合同销售组织）机构代理商、形成GPO、PBM等模式。
　　对产业链的其他环节，包括医药代表、产业链终端等，两票制系列政策未来或将引发一定改变。对医药代表来说，在两票制的大环境下继续生存，则需要依托厂家或当地商业，但收益会比之前减少。但因该群体掌握终端资源，他们的职能可能向推广服务商、终端外包商演变。另外，两票制将刺激终端药店并购，医药流通行业整顿要求货、帐、票一致，小型连锁药店、零售药店因不能再进行现金交易，成本有所上升，盈利能力下降，出售药店的意愿加强，大型连锁药店并购有望加快。