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方永奇教授擅长中西医结合治疗慢性胃炎,主张辨证与辨病相结合。在中医上注重舌象和体质,灵活辨证,常用的治法有疏肝和胃法,疏肝清热法,理气化瘀法,补益脾胃法;在西医上擅长诊断与鉴别诊断及运用西药治疗。在对中药使用上方教授既注重中医理论的指导,也注重现代药理学的研究成果;在对西药的使用上注重其＂药性＂。除了药物治疗外,方教授还非常重视综合调理。