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介绍了一种利用两级嵌入式计算机系统完成设备控制、数据采集和通信功能的水质自动监测系统的构成、软件设计思路及可靠性设计原则。系统选用支持实时多任务的嵌入式操作系统WindowsCE．net．应用程序利用面向对象技术开发，以数据处理为中心进行模块设计。为便于扩充及与其它系统兼容，通信协议采用标准Modbus协议。硬件和软件设计过程中采用了多种抗干扰技术降低电磁干扰的影响。实际运行结果表明该系统可满足无人值守自动监测站的不间断运行要求。