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粤港澳跨行政区域创新系统是由粤港澳3个行政区域内有着密切联系的创新主体、创新环境和创新动力源相互作用而形成的一种跨越行政区划的多层次结构的区域创新系统。它的形成是资源的稀缺性、经济的互利性及政府的自觉性等多种驱动因素共同作用的结果。在构建粤港澳跨行政区域创新系统的过程中，应该充分利用粤港澳三地的资源比较优势，最大限度地减少和消除有关制度性的障碍及壁垒，在驱动因素与制约因素之间寻找构建过程中的动态均衡。