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自组织理论是研究客观世界中自组织现象产生、演化的系统科学理论，它以全新的思维方法对企业做出更深刻的理解。企业是经济社会中一种完整的自组织，企业内部各个基本单元之间、企业与环境之间存在着相互影响、相互渗透的非线性相互作用关系。本文运用自组织理论方法来探讨企业自主创新的内在机制，认为企业自主创新过程就是使企业系统向有序方向演化的过程，是企业在与外部环境相互作用的基础上生产要素和生产条件的新组合，企业由此获取竞争优势。企业创新具有开放性、动态性、非线性、涨落等基本特征。