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本研究利用组织块培养法从健康的银杏根、茎中分离得到116株内生真菌。通过显色反应、高效液相色谱（HPLC）等方法对内生真菌的代谢产物进行分析,最终筛选出2株能够产黄酮的内生真菌,利用分光光度法测定其发酵液中总黄酮产量均达到20 mg/L以上。形态学特征和真菌rDNA间隔序列（Internal Transcribed Spacer,ITS）的系统进化分析结果表明两株菌分别属于青霉属和毛霉属,其中青霉属为产黄酮银杏内生真菌的首次报道。本研究为利用微生物发酵生产黄酮类化合物奠定了良好的基础。