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根据菌株的组成可分为单一菌株和复合菌株。现生产上常用的多为复合菌株。目前最常用的菌种为乳酸杆菌属、粪链球菌属、芽孢杆菌属和酵母菌属。其中乳酸杆菌属、粪链球菌属为正常存在的微生物，而芽孢杆菌属和酵母菌属仅零星存在于肠道中。芽孢杆菌具有较高的蛋白酶、脂肪酶和淀粉酶的活性，可明显提高畜禽生长速度和饲料利用率。芽孢杆菌在饲料加工过程及酸性环境中有较高的稳定性，在肠道环境中不增殖。目前已被国家批准使用的益生菌有：芽孢杆菌、乳酸杆菌、粪链球菌、酵母菌、黑曲菌、米曲菌。