为了解现代有机农业日益复杂的网络结构及生产组织下有机农业认证中心空间区域格局与核心区（即北京市）综合影响力的类型特征，采用ArcGIS空间分析法、自然间断点分级法和综合评价法，基于有机农业企业的认证数据，对中国有机农业认证中心的发展演化、区域格局及北京市有机农业认证中心的综合影响力进行了研究。结果表明：1)近10年来有机农业认证中心发展呈现初期平缓后期持续不断增长的态势，其空间分布具有不均衡性、地域极化特征显著性、区域集聚性和市场腹地渐次地域扩大化特征与趋势。2)有机农业认证中心三大片区内部分布格局分为高—高型、中—中型和低—低型等10种类型。3)核心区北京市各市辖区有机认证产品产量和有机生产企业数量空间分布同样存在着内部不均衡性特征。4)北京市有机农业认证中心影响力评价主要可分为综合性、均衡性、成长性和起步性有机农业认证中心四类，具有不同的功能特征与市场结构。针对中国有机农业认证中心的空间布局与空间联系及组织有效性问题，政府应建立有效的有机认证财政补助体系，培育起中西部的区域性有机农业认证中心，并推进起步性和成长性有机农业认证中心应学习均衡性和综合性有机农业认证中心的发展经验，发挥自身优势，打造起自主品牌；综合性有机农业认证中心应开拓国外市场，推动中国有机认证产业与国际市场接轨，从而推动中国有机认证产品的扩大出口和提高其竞争力。