微生物组是指固有微生物群落（微生物群）及其栖居的宿主环境，微生物组研究改变了临床医生对参与人类健康与疾病的微生物的看法。也许，最根本的改变是，人们领悟到，大部分栖居于人体的微生物在维持整个宿主-微生物生态系统平衡上功不可没。这些贡献包括重要物资的生产、营养素的生物转化,以及对抗病原微生物等。因此，疾病可以是固有微生物的增益作用缺失所致，或者是侵袭性微生物造成的不良后果。本综述将阐述关于固有微生物群的行为及功能的认识，是如何改变了我们对微生物维持人体内稳态和微生物致病的看法。本文拟讨论打破微生物群的益生作用将如何导致疾病。概述现行的微生物群研究方法，并用这些方法勾勒出微生物在健康中的新作用，并讨论微生物组的特定改变与疾病间的重要关联。这就阐释了怎么调控微生物群，是重建其缺失的功能,还是去除其有害的作用，是可能产生临床预防或治疗各种疾病的新方法。微生物组与健康和疾病的相关性研究激增，本综述旨在为临床医生介绍这一正在发展过程的生物医学研究领域中的基础知识。