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目的 对我国新疆地区蚊虫携带的病毒类群进行调查，并快速发现医学重要的蚊媒病毒。方法利用Illumina深度测序技术筛查野生库蚊体内的病毒源性RNA，利用RT-PCR进行验证，通过序列比对分析病毒亲源关系。结果深度测序技术共检出144条库蚊黄病毒特异性读序，拼接获得7个不连续的病毒基因组重叠群片段。 RT-PCR扩增产物能够覆盖重叠群间隙序列。在此基础上，重构获得病毒基因组5′和3′末端片段（约678 nt、411 nt）。对5′末端序列比对分析结果表明，新疆库蚊黄病毒属于北美/亚洲基因亚型，与国内发现的库蚊黄病毒共同形成一个独立分支，核苷酸序列同源性为98．2％～99．5％，氨基酸序列同源性高于95．5％。结论深度测序技术成功应用于新疆地区虫媒病毒的快速甄测，首次从新疆地区发现库蚊黄病毒，为虫媒病毒监测提供了一条新途径。