重点学科
　　
　　国家级重点学科：内科学(心血管病、肾病、传染病)、神经病学、影像医学与核医学、外科学(普外科、骨科、泌尿外科、神经外科)、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学和中西医结合临床
　　卫生部重点建设学科：呼吸科
　　上海市领先学科：肝肿瘤科、心内科、麻醉科
　　上海市临床医学中心：肝肿瘤科和心内科
　　
　　特色科室
　　
　　肝肿瘤外科
　　该科是国内较早开展小肝癌早期切除、肝癌复发后再切除和不能切除肝癌的缩小后切除等手术的科室之一，尤其在肝脏巨大肿瘤和肝门区肝癌的外科诊疗方面具有特色。近年来开展的肝移植术在治疗终末期肝硬化、肝先天性代谢障碍性疾病方面取得较好疗效。
　　
　　心内科
　　该科是上海市较早建立对急性心肌梗死患者实行24小时急症PTCA抢救“绿色通道”的科室之一，并在国内首创门诊病人经桡动脉冠脉造影术。医疗特色包括：冠心病的介入性诊断和治疗、安置永久起搏器治疗缓慢心律失常、快速性心律失常(心颤、房扑)的射频消融治疗、心肌炎和心肌病的中西医结合治疗，以及心脏超声检查等。
　　
　　呼吸科
　　在肺部感染性疾病、呼吸衰竭抢救与康复、肺癌早期诊断及综合治疗、介入和腔镜(纤维支气管镜、胸腔镜)诊治方面具有特色。
　　
　　肾脏内科
　　在国内最早开展各种血液净化技术治疗肾衰竭、免疫性疾病、重症肾小球肾炎、严重高脂血症、肝衰竭，以及药物和毒物中毒等疾病。在疑难危重病抢救和尿毒症长期透析治疗等方面具有特色。
　　
　　特色医疗
　　
　　新技术治疗慢性冠脉闭塞病变
　　慢性完全闭塞病变(CTO)指闭塞时间大干3个月的冠状动脉完全闭塞病变，与非闭塞病变相比，CTO病变介入治疗的手术成功率低，并发症、再狭窄和再闭塞的发生率高。2005年，中山医院心内科葛均波教授在国际上首创“逆行导丝”技术治疗CTO病变，现该技术已被国际同行广泛沿用和发展。如今，葛教授又首创一种新型的“导丝圈套”技术，联合“逆行导丝”用于CTO的治疗，已成功治疗多例采用常规技术无法开通的CTO病变，在国内外未见类似报道。
　　
　　术前介入治疗预防结直肠癌术后肝转移
　　结直肠癌是最常见的消化道恶性肿瘤，死亡率和发病率都很高，而肝转移已成为结直肠癌患者最主要的死亡原因。近年来，术前辅助化疗的作用日益受到关注。中山医院的方案是术前先行介入化疗(通过选择性动脉插管将化疗药物直接送至原发肿瘤或肿瘤转移病灶的主要滋养动脉)7天，再行结直肠癌根治性手术。已完成的病例结果显示该技术安全、并发症发生率低，与传统的单纯手术相比，可使术后肝转移风险降低55％，明显延长术后肝转移的发生时间，延长结直肠癌患者的生存期，改善预后。
　　
　　新型经皮肾镜技术治疗复杂性上尿路结石
　　经皮肾镜技术是通过经皮穿刺，放置内镜进入肾盏、肾盂或输尿管上段内，进行上尿路疾病诊断及治疗的微创新技术，主要用于上尿路结石的碎石、取石。传统的经皮肾镜术穿刺通道较大，易发生肾脏大出血，风险较大。近年来，中山医院泌尿外科采用标准经皮肾镜联合应用新型带负压吸引的超声气压弹道腔内碎石取石器，大大提高取石效率，是目前治疗复杂性上尿路结石较安全、有效的方法。