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水利水电工程决策具有多目标、多层次、多影响因素的特点.针对现有正常蓄水位方案形成过程的不足,建立了基于GIS辅助分析、从蓄水位限值确定到获取方案指标、从方案形成到各方案比选的一整套流程方法.为解决正常蓄水位方案优选的非线性问题,避免综合优选模型中依靠主观经验赋权的人为因素影响,提出将多子群遗传神经网络模型应用于正常蓄水位方案优选.该方法有效减少了人为主观因素的影响,提高了指标权重确定的客观程度,为正常蓄水位方案的优选提供了新思路和解决办法.