新三板自成立以来促进了我国大量中小微企业的发展,但新三板也同样存在融资难等问题,这些问题严重制约了企业经营效率的提高,对企业经营造成了重大影响。2016年中旬,全国股转公司正式对新三板挂牌企业实施分层管理,其目的在于推动新三板企业中具有高成长潜力的企业更快速地成长。研究新三板企业的经营效率可以帮助观察分层制度是否真的起到培育优质新三板企业的作用,也有助于促进新三板市场发展和完善,建立多层次的资本市场。因此,本文希望通过比较新三板创新层和基础层企业的经营效率,验证新三板分层制度是否具有引导资金流向、支持优质企业成长的作用,通过分析找到新三板企业经营效率的不足之处,进而从三个层次提出能有效提升新三板企业经营效率的可行性建议。本文研究的具体步骤分为:首先介绍了效率评价方法以及企业经营效率的理论;第二,阐述了新三板分层制度下企业的经营现状和影响新三板企业经营效率的因素;第三,选取了评价新三板企业经营效率的指标,并采用数据包络模型,实证分析新三板创新层与基础层企业的经营效率以及他们之间的差别;然后基于以上研究和测算,发现新三板市场中存在的问题,以及企业提升经营效率的方法。最后,从外部市场的角度、新三板制度建设以及企业自身这三个方面提出相应的建议,希望最终新三板能更好发挥其培育中小企业的作用,也希望新三板企业能通过这个平台发展得愈加壮大。