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分子检测方面的最新研究显示，直接检测临床样本中的微生物核酸能够为诊断提供快速、敏感和多重检测方法。其中，最引人注目的是MassTag PCR、GreeneChip、非偏离高通量焦磷酸测序（UHTS）技术，在一些病原分离和培养条件比较苛刻病例中获得成功应用。当怀疑某个特定病原时，可以运用MassTag PCR进行样品筛选。GreeneChip通常是用于初筛失败或检测的病原超出MassTag PCR检测范围。当怀疑有新病原而GreeneChip并不能检测出候选病原时，就需要采用UHTS技术。本文综述了这些分子