超级多重基因组序列比对算法

来源 :计算机工程与应用 | 被引量 : 0次 | 上传用户：kfyddp

【摘要】

：

大量同源的长基因组序列的多重比对需要高效率的比对算法.论文开发出一个新的比对工具“超级多重基因组比对”（简称SMGA）,该系统是建立在序列突变与比对的“模代数”理论基础上

【作者】

：

呼广跃沈世镒

【机构】

：

南开大学数学科学学院LMPC

【出处】

：

计算机工程与应用

【发表日期】

：

2005年27期

【关键词】

：

多重序列比对 “模代数”理论后缀树锚定 multiple sequence alignment modulus structure suffix tree

【基金项目】

：

国家自然科学基金（编号：10271061,90208022）,天南大联合研究项目,刘徽应用数学研究中心资助

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大量同源的长基因组序列的多重比对需要高效率的比对算法.论文开发出一个新的比对工具“超级多重基因组比对”（简称SMGA）,该系统是建立在序列突变与比对的“模代数”理论基础上专为长基因组序列的多重比对设计的.SMGA在一台主频2.8G的PC机上完成平均长度约5M的9条有机菌基因组的多重比对的时间大约为35min.论文还使用模拟数据对SMGA的比对精确度做了估计.

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