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连城白鸭(Anas platyrhynchos)是我国珍贵稀有的水禽资源,具有优良的肉质特性和独特风味,但其肉质性状形成的遗传机制尚不明确.挖掘连城白鸭肉质风味形成相关基因,有助于连城白鸭的开发利用,也可为优质肉鸭选育及肉质评定等研究提供参考.本研究利用RNA-seq技术进行转录组测序,筛选连城白鸭与樱桃谷鸭胸肌转录组的差异表达基因,并对差异表达基因进行功能注释、富集分析和qRT-PCR验证,挖掘连城白鸭肉质形成的潜在调控基因.转录组测序共获得44.31 Gb有效数据,与参考基因组的比对率达到77.54％以上.以软件edge R进行分析,结果显示,2个鸭品种间912个基因呈现显著的差异表达,其中连城白鸭高表达基因424个、低表达基因488个.基因本体(Gene Ontology,GO)分析发现,772个差异表达基因获得功能注释,其中与肉质风味物质形成有关的生物学过程有12个,包括脂质代谢过程、脂肪酸代谢过程、苏氨酸分解代谢过程、羧酸代谢过程等.KEGG通路分析表明,差异表达基因共富集到179个信号通路,其中12个通路显著富集,与风味物质相关的有细胞因子与受体的相互作用、亚油酸代谢和组氨酸代谢、甘油磷酯代谢和转化生长因子β信号通路;根据通路功能注释筛选出酸性氨基酸脱羧酶样蛋白1(acidic amino acid decarboxylase 1,GADL1)、含螺旋结构域的蛋白57(coiled-coil domain-containing protein 57,CCDC57)和丙酮酸脱氢酶激酶4(pyruvate dehydrogenase kinase,isozyme 4,PDK4),其可能在调节连城白鸭鲜味氨基酸和脂肪酸形成中发挥重要作用,进而影响胸肌肌肉品质的形成.进一步选择2个高表达基因和3个低表达基因进行qRT-PCR验证,获得与转录组测序一致的结果,表明测序结果可靠.本研究为深入探讨连城白鸭肉质风味形成机理及筛选遗传标记提供参考依据.