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细胞质雄性不育（CMS）在作物遗传育种研究中占有重要地位，多种植物的细胞质雄性不育均与线粒体基因结构变异及新嵌合基因的产生有关。为探索线粒体atp6基因与洋葱CMS的关系，以13份不育系和11份保持系为材料克隆洋葱atp6基因编码序列，测序结果表明不同材料atp6基因间存在一个C/A多态性位点，该多态性位点在不育系和保持系间随机出现，而不是不育系与保持系的特征差异。蛋白质分析表明这一多态性位点的变异并未改变atp6蛋白跨膜结构。进一步的蛋白比对分析揭示了atp6蛋白在物种间有一定的保守性，特别是第IV跨膜