目的对惠州市部分手足口病病例进行流行病学特征调查和病原学分析,明确导致手足口病肠道病毒的主要型别和分布特征,为制定预防控制措施提供实验室依据。方法选取2009年惠州地区各大医院临床诊断为手足口病的病例为对象,采集患者发病1周内的咽拭子、肛拭子、粪便、脑脊液和疱疹液共计176份标本,采用Real-timePCR对患者标本进行总肠道病毒、柯萨奇病毒A组16型(CoxA16)和肠道病毒71型(EV71)特异性核酸检测,同时运用CoxA16型和EV71型的特异性引物,采用RT-PCR法进行平行核酸分型检测。结果实时荧光定量PCR法检测176份标本,肠道病毒通用型核酸阳性150份(85.2%),其中CoxA16、EV71病毒核酸阳性分别为93、34份,分别占肠道病毒感染阳性总份数的62.0%(93/150)、22.7%(34/150),另外NEV(非肠道病毒)占14.8%(26/176)。应用RT-PCR方法对Real-timePCR检测的150份肠道病毒阳性标本进行分型检测,分别检出EV71、CoxA16阳性33、91份,此结果与实时荧光定量PCR法的符合率达98%。总肠道病毒阳性病例数的男女比例为1.78∶1(96/54),EV71阳性者中以3岁以下幼童为多,占58.8%(20/34)。结论所检测儿童手足口病标本中以CoxA16感染为主。RT-PCR法与实时荧光定量PCR法检测肠道病毒的特异性与准确性相当,而实时荧光定量PCR可用于手足口病暴发疫情和临床病例的早期高通量快速诊断。