噬菌体，以杀菌特性而闻名的天然病毒，是地球上多样性和丰度最高的生物体。在过去一百多年中，噬菌体的研究极大地推动了遗传学、分子生物学和合成生物学的发展。随着耐药超级细菌的流行，噬菌体疗法引人入胜的科学历史也被广为传颂。然而，相对于自然环境中丰富的噬菌体数量（总数为1031，比所有其他生物的总和还要多），目前只有少数噬菌体被成功地应用于对抗耐药性细菌感染及其它工程领域。当前，急需践行合成生物学从“造物致知”到“造物致用”理念，采用高通量测序和基因组精准编辑等先进生物技术来创建具有独特属性的增强变体，提高噬菌体治疗的疗效和可编程性。本文综述了近年来噬菌体基因工程改造方法的技术进展以及合成生物学助力噬菌体应用技术发展的研究动态，如按照实际需求改造噬菌体宿主范围、借助宏基因组挖掘自然界中噬菌体的广泛资源、结合多组学技术揭示噬菌体与宿主互作的分子机制、调控肠道噬菌体组维持肠道稳态以促进人体健康及利用大数据和新型人工智能指导噬菌体理性设计。总之，合成生物学正在跨时代驱动传统实验研究范式转变，结合“设计——构建——测试——学习（DBTL）循环”理性设计目标噬菌体，无论是自上而下的体系优化，还是自下而上的生命体重构，工程噬菌体的合成生物体“智造”都大有可为。