【摘 要】
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[目的]本研究旨在通过对家蚕Bombyx mori 5龄幼虫精巢和卵巢组织微小RNA(microRNA,miRNA)基因芯片及转录组进行分析,找到参与家蚕性腺发育相关的miRNA分子及可能的靶基因.[方法]采用新一代高通量测序平台对家蚕5龄幼虫精巢和卵巢(分别定义为Test和Control)进行miRNA基因芯片检测及转录组测序分析,根据P＜0.05且log2(fold change,FC)≥2的标准,通过比较筛选出Test vs Control的差异表达miRNA;根据q≤0.05且| log2(fol
【机 构】
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南阳师范学院,河南省伏牛山昆虫生物学重点实验室,昆虫生物反应器河南省工程实验室,河南南阳473061;南阳师范学院,河南省伏牛山昆虫生物学重点实验室,昆虫生物反应器河南省工程实验室,河南南阳47306
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[目的]本研究旨在通过对家蚕Bombyx mori 5龄幼虫精巢和卵巢组织微小RNA(microRNA,miRNA)基因芯片及转录组进行分析,找到参与家蚕性腺发育相关的miRNA分子及可能的靶基因.[方法]采用新一代高通量测序平台对家蚕5龄幼虫精巢和卵巢(分别定义为Test和Control)进行miRNA基因芯片检测及转录组测序分析,根据P＜0.05且log2(fold change,FC)≥2的标准,通过比较筛选出Test vs Control的差异表达miRNA;根据q≤0.05且| log2(fold change)|≥1的标准,通过比较筛选出Test vs Control的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs);随机选取8个上调和12个下调差异表达miRNA,对其表达及其预测的5个靶基因进行qRT-PCR验证;对DEGs以及差异表达miRNA的靶基因进行KEGG通路富集分析.[结果]从精巢和卵巢样本中(Test vs Control)分别鉴定出68个差异表达miRNA和3991个DEGs,其中上调和下调miRNA分别为36和32个,上调和下调DEGs分别为2033和1958个.差异表达miRNA的qRT-PCR验证结果均与芯片数据一致.KEGG通路富集分析结果显示DEGs在新陈代谢及核糖体的信号通路显著富集.对差异表达miRNA在DEGs中的可能靶基因进行预测,结果找到了4组表达趋势相反的miRNA与靶基因:分别是bmo-miR-2774a与LOC101745556;bmo-miR-92b与LOC101735954以及bmo-miR-3266与LOC733130和LOC778467;1组表达趋势一致的miRNA与靶基因:bmo-miR-3321与LOC101744895.5个靶基因的qRT-PCR验证结果与转录组测序结果一致.[结论]本研究获得了家蚕5龄幼虫精巢和卵巢转录组及miRNA芯片数据,筛选并验证了4组差异表达和1组一致表达miRNA及潜在靶基因,为探究家蚕精巢和卵巢发育差异奠定了基础.
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