目的基于网络药理学和生物信息学方法探讨丹参(SM)通过干预Müller细胞(MC)特征性基因和关键蛋白表达治疗视网膜色素变性(RP)的分子机制。方法运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索、筛选SM的入血活性成分和作用靶点;通过GEO数据库获取正常和RP小鼠MC差异表达基因;通过疾病数据库检索RP相关的基因靶点;采用Cytoscape构建MC差异表达基因和疾病靶点、成分靶点的蛋白质-蛋白质交互作用网络并提取交集;运用DAVID数据库对特征性基因进行基因本体和KEGG通路分析;采用cytoHubba分析筛选关键蛋白靶点。结果检索得到与SM相关的化学成分202个,依据ADME参数筛得活性成分65个,其中入血活性成分13个,进一步检索配对得到这些成分可能作用的靶点117个;从芯片数据中分析得到正常和RP小鼠MC中差异表达基因242个;从疾病数据库获得与RP密切相关的靶点206个;提取交集得到85个SM影响RP病理过程MC的特征性基因;这些基因主要涉及转录调控、凋亡信号通路调控、DNA核内复制调节等生物学过程,分子功能主要包括转录辅激活子活性、蛋白激酶活性、核心启动子结合等,富集于细胞核、核质、转录因子复合物、Rb-E2F复合体等区域,主要与剪接体信号通路、肌动蛋白细胞骨架调控信号途径、细胞周期调控通路等有关;分析筛选出SM干预RP病理过程MC中的8个关键蛋白靶点。结论 SM药效作用的物质基础为隐丹参酮、木犀草素、丹参酮ⅡA等13个化学成分;其所干预的RP病理过程MC特征性基因与剪接体信号通路、肌动蛋白细胞骨架调控信号途径、细胞周期调控通路等机制相关,关键靶点包括RB1、E2F1、TFDP1等8个蛋白。