财政直接补贴农业水费是推进农业水价改革、解决农业水费问题的关键政策。根据农业水价改革相关政策及未来可能的水价模式,分析不同水价模式补贴的适用性,提出补贴农业水费的关键环节与计算方法,在对全国大中型灌区普查的基础上,估算大中型灌区与全国所有灌区农业水费补贴需求,与全国财政供应情况对比,提出推荐补贴方案。研究认为,应按照有利于提高农业综合生产能力,保障国家粮食安全,促进节约用水,进一步减轻农民负担,保证水利工程良性运行的总体要求,建立财政直接补贴农业水费机制。水费补贴的基础条件是推行两部制水价,切入点是补贴政策性亏损与基本水费。据测算,全国所有灌区农业水费补贴需求为(52.49~245.52)×108元,其中主产区大中型灌区补贴需求为(13.19~58.24)×108元。预计今后一个时期中央财政对农民直接补贴增量每年都在523×108元以上,能满足水费补贴需求。考虑到提高水价难度很大,建议暂先维持现状水价标准,财政对水管单位政策性亏损与用水户灌溉定额内的基本水费进行补贴,用水户负担计量水费;建议分步实施补贴,优先安排主产区大中型灌区农业水费补贴。