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科技创新失败项目客观存在，其所带来的损失制约了科技企业再创新行为的发生，实施科技创新失败补偿是迫切而必要的。围绕多中心理论，构建了以政府中心为主导地位的多中心主体科技创新失败项目补偿模式，多元主体包括政府、市场经济组织、社会组织和科技企业，突破了传统“单中心”模式下僵化单一的制度设计，为解决科技创新失败项目补偿问题提供了制度性的探索，有利于激励科技企业再创新行为和提高再创新能力。