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蛋白质相互作用网络是计算机科学技术的一个新研究领域。蛋白质相互作用网络中结点之间的距离度量需要通过基于网络的最短路径距离来重新定叉，其计算代价高，这使得已有的基于欧几何距离的聚类算法不能直接运用到这种环境中。因此，通过蛋白质相互作用网络的特征提出了一种新的聚类算法。算法使用网络中的边和结点信息来缩减搜索空间，避免了一些不必要的距离计算。实验结果表明，算法对于真实的蛋白质相互作用网络中的结点聚类是高效的。