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肽核酸（Peptide Nucleic Acid）是人工合成的核酸（DNA）的类似物．PNA能够特异地、稳定地与DNA杂交以及其独特的性质，使得PNA广泛应用在分子生物学中．本文提出了一种基于PNA的最大独立集问题的DNA计算模型，利用单链PNA被逐步褪火到单链DNA分子上，解决了一个最大独立集问题的实例．该模型的解空间只有一种类型的DNA分子，计算经m步生物操作产生问题的解（其中m=｜E（G）｜），最后利用鞭子PCR（Whiplash PCR）原理以及凝胶电泳读解．