以来源于不同地域的8个不同类型水稻品种为细胞质供体,以温敏核不育系株1S、准S作为细胞核供体,通过杂交和连续回交,得到8种细胞质2套核背景的同核异质温敏核不育系,将株1S、准S(为对照)及其同核异质温敏核不育系分别与4个恢复系杂交,得到72个同核异质两系杂交组合,比较分析了新质源杂交组合与对照杂交组合的主要农艺性状。结果表明,细胞质对同核异质两系杂交组合的8个农艺性状均表现出极显著的遗传效应,新质源整体上在大多数农艺性状上都表现出负效应;质核互作对8个农艺性状也均表现出显著的遗传效应。Lemont细胞质对两系杂交组合的全生育期、株高、单株生物产量、单株有效穗、每穗总粒数有显著的负效应,但对结实率有显著的正效应;V20A细胞质对两系杂交组合的全生育期有显著的正效应,对其余性状均表现出显著的负效应,不适合作两系杂交水稻的细胞质源;日本晴细胞质对两系杂交组合的单株生物产量有显著的正效应,而对全生育期与株高有一定的负效应,可在两系杂交水稻育种中加以利用。