广泛意义上的军医可以说自古有之，早在公元前25世纪，苏美人的军队中就出现了关于军医的记载。在中国古代，军医也经历了从巫医一體的时代逐步发展为军医、巫师分离独立，到了宋代时，军医已是一种职业从医者，且有固定编制比例。这种传统延续到清末，中国引进西方军队制度才发生根本性变革。古代军医与现代军医有很大区别，冷兵器时代，军医的任务是创伤救治与疾病救治，但在机械化战争中，军医的任务则是要对大量被火器造成的伤员进行救治，疾病救治，同时如何通过预防方式来保护军队战斗力。传统军医主要是中医，而现代军医则是西方医学中强调临床外科等治疗方式，更符合战争中负伤者的需求。
　　现代化意义上的军医制度在中国始于清末。李鸿章的北洋海军与袁世凯的新建陆军成为最早引进西方军事医学方式、制度及教育的军队。李鸿章于1881年创办了“北洋医学馆”，袁世凯于1902年11月24日在天津训练新军时创办“北洋军医学堂”。李鸿章的医学馆创办后，凡毕业学生，一律分发至北洋海军舰队中服役，后来袁世凯的医学堂也沿用了这一模式，毕业人员分配到新建陆军中服役，形成陆军系统的军医人员。1905年（光绪三十一年）3月28日，袁世凯又上奏朝廷《筹设北洋陆军军医马医经理军械各学堂折》，获批准后于保定又创办了一所军医学堂。这几所教育机构可以说开创了近代中国史上军医教育系统之先河。尤其是袁氏所建之北洋军医学堂，从晚清一直延续至民国，客观上为后来中国军医教育制度的发展奠定了基础。
　　中国官方开始设立军医行政业务单位也和袁世凯有关。1902年（光绪二十八年），袁世凯上奏朝廷，认为国内若需改善并建立较完善的各项军事制度，先要成立军政司，将原先不同规制之军队以及相关军事事务统一，这其中也包括军医业务。这份奏折获准后，北洋军政司正式设立，司下辖兵备处、参谋处与教练处，每处之下又设数个股，兵备处下辖的医务股即是政府官方首次设立的关于军医行政的业务单位。到1906年中央官制改革时，陆军部成立并执掌原先北洋所属的各军事单位，军医部成立了军医司，全国陆军卫生、治疗、用具、医院升迁及军医教育等业务皆由该机构负责。
　　民国成立后，北洋政府基本延续了清末建立的这一套制度，军医司同样是作为常设的军医行政单位，由方擎任司长。可惜已身为民国大总统的袁世凯这时却鬼迷心窍做起皇帝梦，最后弄得身死国灭。袁氏之死使北洋系失去了主心骨，开启了中国军阀混战的时代，大总统如走马灯般轮换，地方失控，军阀专横，这也造成了军医教育及军医制度停滞不前。就以陆军部军医司（后改为军事部陆军署军医司）为例，从1917年10月起，姜文熙就成为该机构负责人，结果此公在任上一直做到1928年，也就是北洋政权覆灭之时，其间几乎谈不上发展，处于得过且过状态。直到国民政府建立全国政权后，军医制度才进一步改变。