清末商会产生以前，济南已有各式工商业者组织、手工业者组织和外乡人组织，如行帮会馆等。近代以来，工商业者面对咄咄逼人的帝国主义列强大肆输出资本、倾销商品的态势，愈益感到势孤力薄，希望打破行帮壁垒，联合各业力量与外商竞争。因此，成立商会的呼声不仅没有遭到行会组织的抑制，反而获得了各行帮包括一些上层人物的积极响应。行会成为济南商会的组织基础，各行会的领导人物后来又相继成为济南商会的董事，甚至总理会长。
　　济南商会的前身为“济南商会公所”。它参照上海商会公所章程，以城市24行帮为组织基础而组建。济南商会成立之初便带有鲜明的民族主义色彩。
　　1904年1月，清政府颁布《商会简明章程》26条。1905年，济南商会公所正式改称山东济南商务总会，后通称城里商会，以“联络商情，启导商智，保护商业”为宗旨，属领汇兑，典当，钱业、杂货业，绸布业、酒业等24个行业。
　　济南商务总会规定，以现存行会为基础，由各行会领导人物充任商会会董。清政府为加强对商会的掌握，由商务总局总办，亲自兼管商会。
　　1912年8月，济南商务总会在山陕会馆举行众商投票，选举新的组成人员。商会上层进行了大规模调整，原有绅商阶层为新式商人所替代，大有银号领事石绍先(石丕绪)当选为商会总理，选举后“山东济南商务总会”更名为“山东济南总商会”。自1912年至1927年间，济南总商会组成人员共选举换届5次。
　　济南作为近代最大内陆开埠城市，它有一个特别规划的自开商埠区域，商埠区域内的行政规划，管理都自成一体由此形成了济南商会在1931年之前一城两商会(山东济南总商会与济南商埠商务分会)的独特情况。两商会虽各有独立的办公地点、经费来源、管辖区域，但其成员都以济南地方工商资产阶级为主，很多工商人士既是总商会成员又是商埠分会成员，在人员构成上互相渗透，因此两商会在政治、经济活动上有极强的同一性。而且1929年济南设市后，两商会在1931年合并为济南市商会。可以说，商埠商会是济南商会不可或缺的一部分。
　　济南商会有自己独立支配的经费和财产，济南商会的经费来源主要有两种，一是入会商号交纳的会费和捐赠，二是商会处理债务纠纷的提成。1932年，济南市商会章程中规定，会员缴纳会费的办法为依资本额分为10等，最高者每月缴150元，最低者5元。凡兴办重大公益事业项目时，要经理事会或执委会商定，会员志愿募集部分经费。商会经费主要用于公益事业工作人员工资，商会活动官府的临时摊派等方面。商会各主要负责人均为名誉职，会员缴纳的会费数额，商会分期登报公布，每年的经费开支、预决算均向会员报告，听取会员的审核监督，并呈报官府备案。商会的经费从筹措、开支到查核都由商会按照自己的财务制度独立处置，体现了济南商会作为独立商办民间社团的性质。
　　1936年12月，市商会因参与韩复榘的白糖走私案，被国民政府查获，山东省政府下令解散市商会，另一组商会筹备委员会。1937年，改为商会整理委员会，事未竣，济南沦陷。
　　1938年济南沦陷后，日伪“济南治安维持会”召集各行业公会负责人临时推定原商会执行委员、成大纱厂经理苗兰亭为会长。1940年，日本侵略者派“顾问”驻会。1941年，市商会按汪伪国民政府颁布的《同业公会准则》及《商会法》规定商会组成人员改称理事、监事，理事长。沦陷期间，在日本帝国主义暴虐的殖民统治下，民族工商业日渐萧条。济南商会不仅没能起到维护民族工商业者利益的作用，反而沦为日本侵略者掠夺中国财富、奴役中国人民，为其侵略战争服务的工具，其自身亦受到严重摧残。沦陷期间，济南商会所属工商业倒闭达1／3以上其余大部分也濒临破产。
　　1945年日本投降后，国民党济南市政府指定人员组成商会整理委员会。1946年11月，商会整理委员会改组，成立以马伯声为主任委员的商会筹备委员会，负责重新改组各同业公会，进行资本登记和股权核定，继而召开商会会员代表大会，选举商会新的组成人员。至1946年底，市商会共有88个公会会员，9个商店会员。1947年1月，商会会员代表大会选举仁丰纱厂经理马伯声为理事长，并产生了新一届理事会和监事会。
　　1948年9月济南解放后，解放军华东军区济南特别市军管会和济南特别市市政府向商会人员阐述中国共产党有关保护民族工商业的政策，要求商会协助人民政府开展工作，动员广大工商业者迅速恢复生产，并决定市商会原理监事照常供职。10月，军管会派员驻商会指导工作。10月3日，市商会举行理监事联席会议，推举同兴油坊经理尚兰亭为代理事长，市商会行使济南特别市授予的职权。1949年10月，济南市工商业联合会筹备委员会成立，张东木任主任委员。同月，近代济南商会宣告结束。