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阴性选择在建立外周免疫耐受过程中发挥重要作用，部分自身反应性 T 淋巴细胞能逃避阴性选择到达外周淋巴器官，机体会通过外周免疫耐受机制来抑制这些 T 淋巴细胞的活性。MicroRNAs（miRNAs）通过在转录后水平调控基因表达在免疫系统中发挥重要作用。最近的研究发现，miRNAs 在外周免疫耐受的建立和维持过程中发挥着重要作用。miRNAs 可通过调控 T 细胞的发育和成熟、Tregs 的功能、DCs 的发育与成熟及共刺激分子的表达等多个方面来调控外周免疫耐受。