目前,全球制造业竞争格局正面临重构,为了提升我国制造业国际竞争力,需要进一步提高制造业能源生态效率。本文考虑生产过程中的非期望产出,将制造业废气、废水、固体废物排放量纳入产出变量,首先构建SBM模型对我国2000-2016年30个省市的制造业能源生态效率进行测算,接着对制造业能源生态效率地区差异进行深入分析,最后采用Tobit模型对全国及东中西地区制造业能源生态效率的影响因素进行实证分析。结果显示全国历年制造业能源生态效率均值为0.44,总体处于中低等发展水平,省际差异显著。制造业能源生态效率整体上呈现上升趋势,纯技术效率较低是制约制造业能源生态效率上升的主要原因。统计期内东部地区综合效率值明显高于中西部地区,但规模效率显著低于中西部地区。经济发展水平对全国及东中西部制造业能源生态效率的影响最为显著,其影响效应分别为0.079、0.123、0.172和0.104。除经济发展水平外,研发投入、能源消费结构等因素对全国及东中西部制造业能源生态效率影响程度均不相同。为了提高我国制造业整体能源生态效率,缩小空间差异,总体上应采取优化制造业产业结构、实施创新驱动战略、提升清洁能源消费比重、改善国企公司治理等,而各地区应依据综合效率分解结果及各因素影响效应采用相适用的对策。