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许多研究已经证明了多种ncRNA的存在，并且有些非编码RNA可能在遗传系统中起着多种催化和调控作用。为了识别的ncRNA的结构一功能关系，运用一组距离约束的新方法对要预测的RNA二级结构进行建模。此外，还采用了一种过滤模式用以识别查询的二级结构的匹配模型。研究结果表明：基于距离约束的方法可以降低预测RNA二级结构的时间复杂度；而过滤模式可以过滤掉很多数据库中不相似的RNA模型。实验结果证明基于距离约束的方法在预测ncRNA结构中更具有应用价值。