一、科研经费使用中的财务违规形式
　　科研经费使用中的财务违规形式主要有以下几个方面：
　　（一）滞留经费、延缓拨付。出于自身利益考虑，对财政拨付资金未能及时拨付，将资金滞留在主管部门。
　　（二）挤占经费、挪作它用。一些主管部门利用手中权力，左右经费分配，并从中谋利。
　　（三）预算失控、决算失真。对预算编制的重视不够，编制随意性较大；使用过程中擅自扩大支出范围、超预算支出，挤占、转移或挪用；决算信息严重失真，不及时结题，不按规定上缴经费结余等。
　　 （四）虚设课题、转移资金。与基层科研机构相互串通、虚设课题，转移资金。
　　 （五）未专款专用。经费使用往往超越了合同规定的范围，如大额财政经费用于人员开支。
　　 （六）监管不力。主管部门只重视资金分配，忽视监管，未及时组织验收，没认真执行项目追踪反馈制度。
　　二、科研经费审计内容
　　科研经费审计以科研经费财务收支活动的合法性、合规性为核心，目的是保证科研经费收支的合理性和真实性；促进被审单位严格执行相关科研经费制度。具体审计工作包括：
　　（一）经费落实情况审计。审查是否按项目合同和预算及时足额到账，并找出未按进度到款的原因。
　　（二）预算执行情况审计。审查是否严格按预算规定的内容及额度开支；是否符合政府采购、收支两条线及国有资产管理等专项规定。
　　（三）验收结题审计。审查结余经费的收支情况，是否存在不及时结题，不按规定上缴经费结余等情况。
　　（四）内控执行情况审计。内控制度是否建立,是否在依托单位的账目中进行独立核算经费支出的程序、内容和额度是否严格按单位内部的制度执行;经费使用是否有单位财务部门的监管。
　　（五）经费使用绩效审计。科研经费审计不可能只停留在查错防弊的简单层次上,开展科研经费的绩效审计是审计的必然选择。
　　三、科研经费审计方法
　　科研项目经费审计方法主要有以下四个方面：
　　 （一）询问、审阅法。首先询问被审单位科研经费的预算等,了解来源与投向,经费管理内部有关制度。取得被审单位与科研经费有关的会计资料,包括会计报表、账册、凭证以及安排科研经费的项目计划文件、有关合同等,对这些资料应认真加以审核。
　　（二）现场察看法。抽查部分项目实施实地观察可以了解项目完成的进度情况,又可以证实项目的真实性，特别是能有效地揭露套取科研经费而采取虚立项目的问题。
　　（三）跟踪追查法。 经费拨付是经过财政、主管部门、使用单位的顺序进行, 因此审计人员也要按照资金的走向进行跟踪。
　　（四）逆查法。就是按照科研活动进行的相反顺序，从结题查到起点的审计方法。 从大处着手，审计面较宽，审查的重点和目的比较明确，易于查清科研经费使用中的主要问题，审计效率较高。