第二次鸦片战争以后，清政府与西方列强的外交、经贸、文化交往日趋频繁。可清朝官员满口“子曰诗云”，于洋文一窍不通，不得不倚仗翻译，而会洋文的中方译员奇缺。为解燃眉之急，京师同文馆在同治元年（1862）正式开办，隶属于恭王奕訢主持的总理各国事务衙门。它开设英、法、德、俄、日诸课目，招收14岁以下八旗子弟入馆就读。随着洋务运动兴起，1866年12月同文馆增设天文算学馆，聘请洋人當教习，招收科甲出身的满汉进士、翰林等，专攻数理化和工程制器等西方科技，并翻译出版了一批理工史语教科书。同文馆初具新学规模了。
　　与其他洋务新事物相类，同文馆甫一开张就招来一片反对、责难声。据同治帝师翁同龢日记载，时“谣言甚多”，盛传一对联：“鬼计本多端，使小朝廷设同文之馆；军机无远略，诱佳子弟拜异类为师。”有人还在总理衙门口贴小纸条、以俚语笑骂，“胡闹胡闹，教人都从了天主教！”“未同而言，斯文将丧”；“孔门弟子，鬼谷先生”。污言秽语、人身攻击，矛头直指恭王奕訢，责难洋务派数典忘祖、崇洋媚外，几与卖国贼无异！新生儿之同文馆被泼个满头污水。
　　倘说以上流言有些摆不上台面，那么清流士大夫对天文算学馆的攻讦发难，就在朝堂上掀起不小的风浪。
　　率先非难的山东道监察御史张盛藻，于1867年3月上奏折称：“朝廷命官必用科甲正途者，为其读孔孟之书，学尧舜之道，明体达用，规模宏远也，何必令其习为机巧，专明制造轮船、洋枪之理乎？”攻击同文馆把天下士子引入歧途，毁坏了科举入仕的朝廷规矩。
　　非难力度最大的是帝师、大学士倭仁。作为内阁揆首和最高理学权威，他纠集徐桐、翁同龢等向两宫太后施压，“力言同文馆不宜设”。倭仁奏书说，“天下之大，不患无才。如以天文算学必须讲习，博采旁求，必有精其术者，何必夷人，何必师事夷人？”两宫召对未达成共识，慈禧就将倭仁奏折交总理衙门议处。奕訢和曾左李等一干洋务大臣均上奏批驳，说洋人在中国“肆行无忌”，是因为他们对中国“语言文字，形势虚实，一言一动，无不周知”；而对洋人的情况、举动，“我则一无所知，徒以道义空谈，纷争不已”。所以设同文馆实为应对列强的必备之举。唇枪舌剑，争执不下。
　　足智多谋的恭王奕訢来个请君入瓮：既然倭相说“不患无才”“何必夷人”，那好啊，就请旨饬令倭“酌保数员”，并另行择地设馆由倭督办讲学，与同文馆“互相砥砺”。这一招让倭仁进退两难，不得已奏称“意中并无精于天文算学之人，不敢妄保”，恳求撤回前奏。奕訢等步步进逼，奏请太后准倭仁在总理衙门行走、当总署大臣，要让理学家的倭仁出洋相。倭仁窘急之极，“潸焉出涕”地递交辞呈。7月13日倭仁“开缺”之请获慈禧批准 ，只保留“以大学士在弘德殿行走”的帝师空名。至此，历时半年的同文馆风波终于平息。
　　其实新事物之所以备受非难，原因就在它触动了既定的利益格局。以同文馆而论，它对科举制度的冲击，击碎了多少饱学儒生的升官发财梦啊！屁股决定脑袋，利益不同则立场各异。代表科举旧体制的倭仁等士大夫，能不对同文馆群起而攻之？同文馆存废之争，实是守旧派与洋务派的利益和权力博弈。
　　同文馆、算学馆虽在非难中幸存，但活得艰难。招考者惶惶不安，报考者寥寥无几，偶有入读者也为同乡同列所不齿。科举制度不废止，“夷夏大防”不消泯，同文館的人才培养计划遭受重挫，几同夭折。洋务运动也在甲午之战后宣告彻底失败。
　　但同文馆毕竟在中国近代史上开启了文化教育进步转型的先河。1902年并入京师大学堂，为后来的北京大学打下奠基的桩石。从此，中国的大学才迈入现代化进程。作为洋务运动的新事物之一，我们不能遗忘那个曾备受非难的同文馆。