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建立了基于多层次复杂系统的层次灰色关联分析综合模型,并以江苏省市(地)级科技系统为研究对象进行了实证分析.研究结果表明:在江苏省市(地)级科技系统发展中,科技投入对科技产出的关联度大于科技活动对科技产出的关联度,在科技投入类因素中对科技产出的影响程度最大的是R&D经费总额,其次为科技三项经费总额.