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本研究应用ISSR分子标记技术对所收集的30份丝瓜资源进行亲缘关系分析。从99对引物中筛选出16对引物进行条带扩增,共扩增出166条条带,其中多态性带有144条,多态性比例为86.75%。30份丝瓜资源的遗传相似系数0.313~0.951之间,春研三号丝瓜和纯英早青肉丝瓜材料亲缘关系最近,遗传相似系数为0.951,而泉州延陵丝瓜与六叶香棱丝瓜材料间亲缘关系最远,为0.313。在基因相似系数DS=0.313阈值处被分为两大类:普通丝瓜和有棱丝瓜。这和田间调查的结果一致。