一名叫安格里斯的军医把20多年前人们打凿的那条坑道的位置告诉给阿尔库比埃。阿尔库比埃决定顺着已有的井穴进抵古代城市。他让一名挖掘队员到20多米深的井底探查里面的究竟，此人上来汇报说在那里见到了一堵涂抹着红泥的墙壁。接着，阿尔库比埃坐着一个大笼子亲自下去查看，他确信这是一座被掩埋的城市。兴奋的阿尔库比埃找到两西西里王国首相，恳求他批准对遗址进行挖掘。然而，由于怀疑宝藏的数量和价值，朝廷内部一些人士反对阿尔库比埃的行动，发掘工作在运转六天后被迫叫停。眼看一场美梦化为泡影，聪明的阿尔库比埃给国王查理变了个“戏法”。他命人连夜将一尊大理石雕像从地下提升出来，并不动声色地安放在波尔蒂奇宫殿庭院中，使早上睡眼惺忪的国王一起床就感到莫大惊喜，于是赫库兰尼姆的发掘活动重新获得了支持。
　　
　　粗鲁的挖掘行动
　　
　　阻碍消除之后，阿尔库比埃的发掘工作得以全面展开。然而最初，对古遗址的发掘完全是掠夺和破坏性的。下到井里的工人们顺着古代修筑的泥墙开掘通道，遇到可能藏有文物的房屋就立即进入，并将武器、花瓶和货币等文物清扫一空。这些通道平均高2米、宽1米，侧面每间隔一段距离便凿有洞窟，供来往的工人交错通行。挖出来的土最初被堆放在地面上的王家大道旁边。随着土量的逐渐增多，后来采取了回填的方法。然而，这既影响了人们对已挖掘地点的重复探索，也不利于准确地了解赫库兰尼姆城的整体布局。阿尔库比埃并非老实厚道，尽管他每天都要向首相汇报发掘成果，但实际报上去的数量却远远少于真实的情况。当他得知罗马和英格兰的鉴赏家们喜欢墙画时，竟然把画面从墙上分块剥离下来运走，使得整体绘画被分割成很多小幅作品。阿尔库比埃因此遭到很多人批评，但是，这些批评终究起不了什么作用，因为阿尔库比埃粗鲁发掘的目的不是研究古城风貌，而是极力为国王探寻宝物。
　　早期的发掘工作并不是一直由阿尔库比埃掌控，从1741年到1745年，由于法国大使插手，阿尔库比埃暂时把发掘总指挥的职位让给了法国工程师巴德。巴德在此期间获得了很多重大成果，他不仅发现了赫库兰尼姆的剧院和巴塞利卡等大型公共建筑，还找到了奥古斯都、提比略和克劳狄等古罗马元首的大理石胸像。然而，巴德也是一个不注重文物保护的人，他同样将壁画剥离下来卖给文物贩子，其野蛮举动引起很多有识之士的抨击，并遭到两西西里王国首相的严厉申斥。由于种种原因，发掘指挥权最终被阿尔库比埃在竞争中重新夺回。
　　
　　由于发掘过程中有一处坑道坍塌，地面现代房屋的地基和墙壁受到破坏，于是首相亲自监督检查阿尔库比埃的每项活动，命令他及时向国王提供文物清单和城市遗址地图。阿尔库比埃把7张完整的平面图和11张未完成的平面图转交给副手，其中包括赫库兰尼姆神庙和角斗场的图，这给后来的研究留下了珍贵的资料。当时这些属于私密的信息并没有公开，发掘出来的艺术品也被封存在王家博物馆中，连同城市遗址一起由卫兵负责把守，因此那时的人们只知道阿尔库比埃的破坏行为，而没有认识到他的功劳。从考古的视角来看，阿尔库比埃和巴德的发掘虽然打乱了部分历史记忆，损坏了许多极有价值的文物，但他们所做的工作仍具有重要的历史意义。
　　
　　韦伯的考古丰功
　　
　　1749年，阿尔库比埃升任中校，成为王家军事工程部队的副统帅，必须经常奔赴两西西里王国首都那不勒斯处理事务，从而可以用于发掘的时间大大减少。他举荐瑞士籍的军事工程师卡尔·韦伯作为赫库兰尼姆日常发掘工作的代理指挥，从此，以寻宝为目的的发掘活动才演变为正规的考古发掘。
　　韦伯更注重分析遗迹中隐藏的历史信息，不轻易放过每个细节。阿尔库比埃在韦伯上任之前两个月曾有过重大发现。一个农民在打井时，刨出了很多彩色大理石碎块。阿尔库比埃派人到那里经过一段时间的艰难挖掘，在距离地表30米深的位置挖到一座巨大庄园的遗址。此庄园的特别之处在于它所拥有的由36根柱子组成的94米长、32米宽的矩形围廊。围廊中间是个庭院，有水池和诸神雕塑作装饰。庄园内还发现了浴室和图书馆，馆中藏有大量写着希腊文和拉丁文的纸草卷轴，由于被密封在不透空气的火山灰中而得以完好保存。这些文物引起18世纪史学工作者浓厚的研究兴趣。庄园因此得名“帕比里”（在拉丁语中意为纸草），它堪称保留至今规模最大的罗马庭院建筑。韦伯接手工作后，率领队员继续对“帕比里”庄园进行探索，意外发现它附近还有几条已经存在很久的狭窄坑道。这些坑道所经之处很少有文物存放，散落其中的铭文和钱币表明它们修建在火山灾难发生后的元首图密善时代，所以韦伯认定罗马人在赫库兰尼姆遭到掩埋后对其曾经进行过救援。
　　韦伯采取了新的挖掘技术。他放弃使用回填的方法，尝试着让工人重新挖开以前被掩埋的坑道，这使考察城市整体布局并绘制正确的城市平面图成为可能。他在图上用黑色墨水画出坑道，勾出轮廓并涂上密集的小圆圈，用尺子或圆规画出黑色线段表示建筑物，用棕色墨水标出蕴含着地下水的区域。韦伯还详细地画出了马赛克和台阶等装饰部分。这种平面图比当初阿尔库比埃让不懂技术的普通工人绘制的图画不知精细了多少倍。
　　韦伯非常注重出土文物的历史背景，他组织制定了文物分类标准，还在城市遗址平面图上详细标出文物的出处。他主张打破王室垄断，把零散的文物信息汇编成书，附上平面图、素描稿和解说文字提供给公众。应该肯定，是韦伯在发掘赫库兰尼姆过程中形成了系统的考古方法，开拓了为公众保留考古成果的新路。然而，韦伯最终却成为悲剧人物，他的明智之举遭到阿尔库比埃的无端反对，并于1767年前后被迫害致死。
　　赫库兰尼姆的发掘为后人取得更大成果作了铺垫。1748年，阿尔库比埃把目光投向距赫库兰尼姆不远的庞贝遗址，并用同样的方法找到了西塞罗庄园等建筑。两百多年中，法国和意大利考古人员几乎没有停止过对庞贝的发掘，他们还根据需要不时变换多种科学发掘手段，终于逐步厘清了庞贝古城的轮廓。从此，被火山灰烬湮没的古罗马文明重新展现在世人面前，其灼目耀眼的光芒令人叹为观止、经久不衰。
　　对于庞贝遗址的独特价值，意大利人有自己的见解。庞贝考古局局长彼得罗·乔尼·古佐认为，维苏威山周边的古代城市，特别是庞贝和赫库兰尼姆海边那些遗骸的姿态说明，当火山喷发时，争相逃生的人们纷纷冲出家门，无人保持着日常工作的状态，这些使我们得以从人性角度认识古代突发事件。雅典娜和罗马的壮丽建筑物，无需人们刻意去理解，只需回到古代，在宗教般的沉默中加以鉴赏。但是庞贝、赫库兰尼姆、奥普隆蒂斯的情况不同，那里遗留的古建筑遗址本身与其他遗址没有不同，惟一不同的是突然发生的破坏一瞬间尘封了居民们的具体生活，并最大限度地保存了他们的生活、喜怒、工作实景。文学家们用他们的想像力复活了古希腊人、古罗马人、古埃及人、古迦太基人，但在维苏威山麓却不需要文学大师的雕琢，任何有感情的人，都可以通过因火山灰窒息而死的不幸的人们遗骸的姿态，复活当时的故事。