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畜牧工程系是郑州牧业工程高等专科学校办学最早、实力最强、社会影响最大的主干系之一，现设有畜牧、养禽与禽病防治、畜牧兽医、饲料与动物营养、草食动物生产与疫病防治、农牧业环境保护技术和水产养殖技术7个专业。畜牧专业为国家级教学改革试点专业、省级示范专业和名牌专业；养禽与禽病防治专业为省教育教学改革试点专业和校示范专业；草食动物生产与疫病防治专业为校示范专业。