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肠道病毒71型（EV71）已经在世界范围内有过十多次大的爆发与流行，近年来EV71病毒的流行在亚洲逐渐呈上升的趋势，但是目前尚无有效的治疗措施，因此迫切需要一种治疗EV71的有效药物。本文采用生物信息学的方法，对人类EV71病毒三个不同株型（SHZH03，SHZH98和MS）RNA序列的局域二级结构进行了预测，并从这些病毒株的基因组中分别得到了长度在21～25nt的小干扰RNA靶序列碱基片段。这一结果将有助于治疗EV71药物的开发研究，对预防和控制EV71的爆发和流行也会有重要意义。