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研究生专业结构与区域经济发展的矛盾主要凸显在学科专业机构设置与区域经济特色不匹配、传统学科专业设置与产业结构转型不协调以及未充分考虑专业结构比例盲目扩招致使人文社科专业研究生过剩等三大方面。研究生专业结构与区域经济发展矛盾的化解必须与政府和高校密切相连。遵循差异化的学科专业发展调整思路、根据特色进行专业结构调整以及构建学科——产业——专业链条是我国研究生专业结构与区域经济发展的三大重点。